Sedanje župnišče je bilo sezidano leta 1857, v času, ko je v Trbojah deloval ekspozit Zabrezovnik, ob stavbi pa je zraslo tudi gospodarsko poslopje. To je že od samega začetka rabilo raznim namenom: nekateri župniki so ga uporabljali kot hlev, drugi za shrambo, spet drugi za skladišče oziroma garažo. Med prvo svetovno vojno so v župnišču v različnih obdobjih različno dolgo stanovali tudi oficirji različnih vojska. Nekateri so bili kulturni, z drugimi je župnik Štular težko shajal. Potrebe po prvi večji obnovi so se pokazale leta 1922, ko je novi župnik Cuderman ugotavljal, da so stropniki že črvivi, gospodarsko poslopje ob župnišču, še zlasti pa slamnata streha, pa v precej slabem stanju. Ker so župljani želeli poslopje prekriti s cementno opeko, jih je župnik prepričal, da staro ostrešje tega ne bo zdržalo in naj zamenjajo tudi ostrešni les. Tako so tudi storili, poleg tega so prezidali oziroma podrli nekaj sten, na novo uredili podstrešje ter položili cementne strešnike. Župnik Cuderman je poleg župnišča postavil tudi čebelnjak, saj je bil navdušen čebelar. Čebelnjak je pripeljal s seboj ob premestitvi iz Begunj. Ob prevozu naj bi se sicer precej poškodoval (za vozom, ki je prevažal čebelnjak, je ostajala »medena« sled), vendar je poskrbel za popravilo.

Župnik Cuderman
Župnik Cuderman ob čebelnjaku.    Vir: Andrej Perčič, družinski arhiv Cudermanovih

Leta 1923 so v župnišču napeljali elektriko ter montirali šest žarnic. Leta 1925 so kupili harmonij za župnišče. Leta 1926 se je zaradi dotrajanosti podrlo stranišče, zato so zamenjali vse cevi, obnovili greznico, uredili vodnjak ter celostno preuredili napeljavo kapnice (Župnija Trboje 1928). Nemški okupator je po zasedbi Gorenjske iz župnišča takoj izgnal župnika Čemažarja. Ta se je naselil v sobi na bližnji kmetiji »pr’ Novak«. Župnijski prostori so bili z namenom ponemčevanja otrok namenjeni šoli, nepremičnina pa je bila v zemljiški knjigi prepisana na »N.S. Volkswolfarth e.V. in Berlin«. Proti koncu druge svetovne vojne so Nemci župnišče preuredili v vrtec in pripeljali dve učiteljici. Ker pa so partizani čez noč pobrali iz župnišča, kar se je dalo pobrati, vrtca niso odprli, učiteljici pa sta odšli.

Po drugi svetovni vojni se je župnik Čemažar z odobritvijo krajevnega odbora vrnil v župnišče ter brezplačno ponudil prostore (šolski) oblasti, tako da je bil vse do leta 1973 v prostorih župnišča pouk za 1. in 2. razred osnovne šole. »Šola« in župniki so večinoma kar dobro shajali, nekoliko več težav pa je bilo okoli leta 1969, ko so v prostoru nad veroučno učilnico opremili telovadnico. Zaradi velikega hrupa in tresenja stropa je župnik Podržaj večkrat protestiral pri šolskih oblasteh.

Župnišče, vpisano kot »nemška« lastnina, je bilo 20. 4. 1948 nacionalizirano in je postalo last OLO (občine) Kranj. To je imelo za posledico, da je Stanovanjska uprava MLO Kranj 20. 12. 1949 namestila v župniške prostore prvega najemnika. Različni najemniki oziroma prebivalci so ostali v župnišču do leta 1979. Z nekaterimi so župniki lepo shajali, zadnji pa so z uničevanjem opreme ter ustrahovanjem župnika Sladiča povzročili veliko škode. Kljub temu da je bilo v stavbi še vedno župnišče, pa so se zaradi (ne)lastništva v župnišču po potrebi opravljala le pleskarska in nujna vzdrževalna dela (npr. leta 1958, ko so v župnišče napeljali vodovod, in leta 1964, ko so ga prepleskali). Večja opravila so župljani prelagali na čas, ko bi bila znana usoda njegovega lastništva. Leta 1965 so podrli dotrajan vodnjak s kapnico in ga na novo postavili. 7. 4. 1965 je Občinsko sodišče v Kranju vknjižilo župnišče s pripadajočo parcelo kot družbeno lastnino. Vse to je povzročilo številna ugibanja o njegovi usodi. Župljani so pričakovali novo odločbo, s katero bi novi lastnik vročil stavbo v uporabo župniji. Na prošnjo župnega urada, da bi se župnišče s parcelo, kar je bilo tedaj družbena lastnina, dodelilo župniji Trboje, je občina odgovorila 22. 4. 1965 (Številka dokumenta 906-2/65-03) in sicer, da za dodelitev župnišča župniji Trboje ni zakonite podlage. Leta 1966 se je utrgalo večje skalovje pod župniščem, kar je spodbudilo razpravo o varnosti zemljišča in njegovih stavb oziroma njegove ograditve. Leta 1968 je župnija dobila dovoljenje za gradnjo garaže. Istega leta je župnik Podržaj v imenu Rimo-katoliškega župništva Trboje vložil predlog, ki ga je na široko obrazložil, naj Občinska skupščina Kranj »vrne« župnišče, glede na celoten postopek pa »zagrozil«, da se bo prisiljen obrniti na Ustavno sodišče Jugoslavije. Ugodne rešitve ni bilo, zato je bilo leta 1969 med župljani več pobud in razprav, kako naj se lotijo postopka za vrnitev župnišča, pa tudi mnenj, da je župnišče »izgubljeno«. 21. 8. 1970, ko župnišče še ni imelo strelovoda, je strela poškodovala zgornjo učilnico in velik del strehe. Vaščani so kljub temu, da stavba ni bila v lasti trbojske župnije, škodo popravili, saj pomoči od drugod niso mogli pričakovati. Leta 1973 je odvetnica, dr. Ljuba Prenner, ki je zastopala župnijo, naslovila »ogorčen« dopis na tedanjega župnika Podržaja, ki se je medtem že umaknil iz Trboj. Menila je, da je nedopustno, da župni upravitelj (ob odhodu župnika Podržaja je upraviteljstvo prevzel župnik Hostnik iz Smlednika) oziroma škofijski ordinariat ne nadaljujeta »bitke« za župnišče. Pismo in dejstvo, da se je šola preselila v nove prostore, so nekoliko spremenili položaj, poleg tega so na stanovanjskem gospodarstvu v Kranju navajali, da imajo v zvezi z župniščem zaradi dolgov več škode kot koristi. Morda je to že pripomoglo k temu, da je župniku Janši leta 1973, kljub temu da župnija ni bila lastnik župnišča, uspelo prepisati župnikovo stanovanje na svoje ime. Leta 1974 je občinska oblast novemu župniku Schweigerju dovolila, da se vseli v »Janševo« stanovanje, 1. 4. 1976 pa je bilo stanovanje prepisano na župnijski urad. Leta 1976 je bilo vprašanje lastništva župnišča spet aktualno, saj je stavba postala splošno ljudsko premoženje. Na številne pobude župljanov je občinska komisija iz Kranja leta 1978 sporočila, da Komisija za odnose z verskimi skupnostmi ne nasprotuje zamenjavi ali prodaji hiše številka 60 v Trbojah. S tem so bili izpolnjeni pogoji za pridobitev oziroma odkup celotnega župnišča. 20. 9. 1979 je bila podpisana pogodba za odkup, kupnina pa je bila odplačana s prispevki župljanov (kupnina je znašala 413.624 dinarjev. Za primerjavo: povprečna mesečna plača je leta 1979 v gospodarstvu znašala 7.159 dinarjev). V zahvalo za možnost odkupa in vrnitev župnišča župniji so župljani romali na Brezje (Župnija Trboje 2012). Ker je bilo župnišče v slabem stanju, so ga začeli takoj prenavljati. Že jeseni 1979 so zamenjali okna v učilnici in v sobi nad njo, spomladi 1980 so dela nadaljevali. Najprej so, razen v kuhinji, zamenjali še preostala okna, uredili okenske police, popravili streho, zamenjali žlebove in obnovili fasado. Leta 1982 so obnovili fasado na gospodarskem poslopju. Leta 1983 so vgradili nova vhodna vrata (stara, dotrajana, so kazila videz obnovljenega župnišča). S tem je bila največja zunanja prenova župnišča končana. Župnišče je 4. 1. 1989 dobilo telefonski priključek, leta 1995 so uredili centralno ogrevanje ter preuredili in posodobili kuhinjo (podrli shrambo). Leta 2003 so obnovili streho na župnišču, leta 2005 pa začeli večjo obnovo gospodarskega poslopja za župniščem; končali so ga z blagoslovom leta 2006. V letu dni sta bili prenovljeni streha in fasada. Na novo so uredili odtoke in zamenjali okna in vrata. Material, denar zanj in delo so prispevali župljani (Župnija Trboje 2012).

Župnišče
Župnišče z gospodarskim poslopjem. Vir: Arhiv župnije Trboje

Poleg cerkve in župnišča ima župnija v lasti še eno stavbo. To je t. i. »mežnarija«, ki stoji blizu »Marijine kapelice«. Namenjena je bila cerkovniku – »mežnarju« in njegovi družini (zapisih je omenjena tudi kot možno bivališče za organista (nadomestilo)). Ker pa cerkovnik Jože Šter, ki je službo po drugi svetovni vojni opravljal približno 40 let, ni živel v njej, je bila dana v najem. V kroniki zasledimo edini podatek o mežnariji leta 1928, ko so se meseca oktobra začeli pogovori o novem organistu, za katerega se farani niso mogli odločiti. Bilo je veliko predlogov in idej, a vedno se je zataknilo pri plačilu in prostoru, kje bi organist živel. Kot možen kraj bivanja se je omenjala mežnarija, vendar do tega ni prišlo. Zato so v njej živeli razni najemniki. Mežnarija je bila obsežneje prenovljena leta 1953 (streha, okna, dimnik, …), pa tudi leta 2012 ob prihodu novega najemnika.